本發明涉及一種自適應多路復用編碼系統，包括：數據接收機構，用于接收待執行多路復用的各路數據；誤碼分析機構，用于采用誤碼分析模型分析待執行多路復用的各路數據中不同路數的數據經過信號復用機構多路復用處理后的平均誤碼率，將平均誤碼率最低的路數作為參考數量；信號復用機構，用于每隔設定時長從各路數據中選擇參考數量的兩路以上數據執行下一設定時長內的多路復用處理。本發明還涉及一種自適應多路復用編碼方法。本發明的自適應多路復用編碼系統及方法邏輯可靠、應用廣泛。由于通過對當前要復用的多路數據進行不同路數的復用誤碼率的測試，以獲得針對不同復用內容的不同最佳優化路數，從而改善了信源數據的多路復用性能。