本發(fā)明公開(kāi)了一種棉花育種基質(zhì)的制備方法，包括以下步驟：步驟一、將小麥桔桿粉和棉殼粉混合，加水至含水量為55‑60％，加入1.5份EM菌混合均勻，發(fā)酵，得第一發(fā)酵料，向第一發(fā)酵料中加入蒲公英粉繼續(xù)發(fā)酵，得第二發(fā)酵料；步驟二、將20份豬糞、2份蚯蚓粉、3份蝦殼粉、2份瓢蟲(chóng)粉混合滅菌后，發(fā)酵，得第三發(fā)酵料；步驟三、將第二發(fā)酵料、第三發(fā)酵料、20份目數(shù)為200‑300的砂、0.08份苦皮藤素、5份草木灰、及6份長(zhǎng)度為0.5‑0.7cm稻草桿混合均勻，即可。本發(fā)明還公開(kāi)了一種棉花育種基質(zhì)的使用方法。本發(fā)明具有提高移栽成活率的有益效果。