本發明提供一種綠色無污染殺菌養殖長吻鮠的方法，包括：養殖場的建立：建立立體式養殖場與殺菌系統；于底層中建立循環水養殖系統：在底層設置養殖廢水凈化生態溝渠、廢水沉淀池和凈化池；長吻鮠投喂：向底層中投喂頂層養殖的餌料魚類或水生昆蟲，投喂比例根據飼養日期和養殖水源的溫度進行控制；日常管理：合理選擇注入新水和增氧時間；以及病害防治。本發明通過建立立體式養殖場，并建立殺菌系統，通過物理的方法對養殖水進行殺菌，避免了化學藥品對養殖水的污染以及長吻鮠的攝入造成二次污染，將投喂長吻鮠的餌料魚類或水生昆蟲與長吻鮠同時養殖，生態環保，提高了養殖效率，通過循環水養殖系統對養殖水源進行循環利用降低了養殖成本。