本發明提供一種自動化生態養殖鰣魚的方法，包括：養殖場的建立：建立立體式養殖場；于底層中建立循環水養殖系統：在底層設置養殖廢水凈化生態溝渠、廢水沉淀池和凈化池；鰣魚投喂：向底層中投喂頂層養殖的浮游生物，投喂比例根據飼養日期和養殖水源的溫度進行控制；日常管理：合理選擇注入新水和增氧時間；以及病害防治。本發明通過建立立體式養殖場，將投喂鰣魚的浮游生物與鰣魚同時養殖，生態環保，提高了養殖效率，通過循環水養殖系統對養殖水源進行循環利用，并將循環水養殖系統運輸到浮游生物養殖層中的鰣魚代謝物進行分解為浮游生物的生長提供營養，降低了養殖成本，通過保溫系統的設置，保證了養殖鰣魚環境溫度的精確控制。