本發明涉及了一種全自動珍珠蚌插核施術器，包括：針管；定位管，定位管的前端部為尖銳端，插入至針管；定位管形成有一前后貫通的第一中空通道；移動桿，其插入至第一中空通道；控制按鈕，其設置于移動桿的末端，用于接收外部輸入的控制指令；直線驅動機構；控制器接收控制按鈕的控制指令，并控制直線驅動機構動作，以驅動移動桿沿著定位管向前移動一定距離，繼而驅動移動桿沿著定位管向后移動一定距離；其中，控制器根據檢測信號，在接收到檢測信號之后的一定時間間隔后，控制直線驅動機構驅動定位管向后移動一定距離。本發明實現了對插核位置的準確判斷，實現了插核和殺菌消毒的一次性完成，提高了插核和殺菌消毒的效率。