本發明公開了一種金槍魚下腳料的酶解和電場復合處理方法，包括：步驟1)用清水將金槍魚下腳料清洗干凈，打碎；用氯化鈉配置質量濃度為0.3‑0.5g/mL的鹽水，將鹽水加熱至25‑30℃，加入至漿狀物中，鹽水和漿狀物的質量比為1:5‑8；步驟2)向漿狀物中加入胃蛋白酶進行一次酶解；步驟3)向一次酶解液中持續通入二氧化碳氣體，置于高壓脈沖電場中進行處理，繼續通入二氧化碳氣體，高壓脈沖電場的電場強度為55‑60kV/cm；步驟4)再加入中性蛋白酶進行二次酶解；步驟5)加入鹽酸，繼續加入無水乙醇；步驟6)離心分離。本發明提高了對魚油的提取率，提高了EPA和DHA在魚油中的含量。