本發明涉及一種復合菌劑及其在降解禽畜糞便中纖維素的應用，復合菌劑由培養在牛肉膏蛋白胨培養基中的細菌菌種、培養在PDA培養基中的真菌菌種按培養液體積比1：1組成。本發明復合菌劑中的各菌種的最適產酶溫度與堆肥發酵不同階段溫度相對應，兩者的變化曲線相擬合匹配，各菌種協同生長，持續產酶，形成較為穩定的產纖維素酶環境，酶活穩定，堆肥過程不同發酵溫度階段都能持續產酶，可促進禽畜糞便中纖維素的分解，由于各菌種持續利用反應底物，還可提前提高禽畜糞便發酵堆肥纖維素酶活性的水平及其峰值，縮短堆肥發酵時間，對堆肥的適應性及腐熟效果好。