本發明公開了一種基于消化內科內鏡分隔式消毒槽結構，涉及醫療器械技術領域，解決了現有的消毒裝置在使用中，需要將內鏡依次在各個消毒腔內進行消毒，同時在消毒過程中需要對內鏡進行多個角度刷洗，消毒操作麻煩，消毒效率較低的問題，包括消毒槽主體；流轉驅動件，所述流轉驅動件固定連接在消毒槽主體的后部；流轉機構，所述流轉機構設置在消毒槽主體的上部內側。本發明實現對內鏡在各個消毒槽的依次流轉，實現了多級清潔消毒，同時可以實現對內鏡的刷洗，提高清潔和消毒效果，還實現了內鏡在消毒槽內的旋轉，進行多個角度的清潔和消毒，還可以實現對內鏡的自動瀝干，提高了清潔和消毒效果，同時使用方便，操作簡單，可大幅度提高清潔消毒效率。