本發明公開了一種提供了一種抗菌融合肽，其肽鏈序列為：SISLLYGRKKRRQRRR。本發明還提供了另一種抗菌融合肽，其肽鏈序列為：YGRKKRRQRRRSISLL。本發明提供了上述抗菌融合肽的制備方法，根據目標抗菌融合肽的序列，從碳端到氮端將相應的氨基酸進行偶合；氮端氨基酸偶合完成后，脫保護基團洗滌吹干；切割后抽濾，使用冰乙醚充分洗滌和離心棄去上清液三次以上；干燥后的固體粉末用去離子水溶解后，分離純化，收集主峰流出液，冷凍干燥后得目標抗菌融合肽。本發明還公開了抗菌融合肽在藥品中的應用。本發明在抗癌肽的基礎上得到了具有抗菌效果的融合肽，且抗菌融合肽的抗菌效果接近了強力抗菌藥卡那霉素的抗菌作用，為進一步具體研發具有抗癌抗菌雙重作用的藥物提供了基礎。