本發明公開了一種大小魚苗分隔培養箱，培養箱內中間設有下隔板與上隔板，魚苗位于隔離部件的右側且位于驅趕機構的左側，伸縮桿使驅趕機構向左移動，下、上隔板與驅趕機構之間的小魚穿過驅趕機構，到達驅趕機構的右側，然后伸縮桿繼續推動驅趕機構觸發隔板開合機構，從而使下、上隔板分離，大魚穿過上、下隔板，當驅趕機構與隔板開合機構分離時，下隔板與上隔板再閉合，完成大小魚苗分隔，驅趕板向左移動一定距離，與隔板開合機構接觸，上、下隔板分離，驅趕板繼續移動，且限制長條與隔板開合機構接觸時，上、下隔板開合不變，當驅趕板繼續移動且隔板開合機構與限制長條分離，此時上、下隔板閉合，完成整體分隔。