本發明公開了一種土壤地下水分層監測井系統及其建井方法，屬于地下水監測技術領域，可以實現改變傳統的分層監測模式，不僅實現了了單層監測井和多層勘探孔由混層監測向分層監測方式的轉變，同時解決了傳統巢式監測井在應對多層段地下水位時的建井難度，仿照電梯井在地下水監測中，拋棄傳統的混水而采用隔離的形式，通過點對點到站的監測模式實現對多層段地下水的監測，理論上不受層段數量的影響，采用到站先對接后取樣的操作，監測穩定性高不易出錯，以此實現僅用一管完成每一層段地下水位的全天候自動化監測，并具有遠程控制和數據傳輸的功能，實現無人化自動監測，建井難度小、成本低、占地面積小、使用壽命長。